根据近年吉尔吉斯及中国历史学家的发现，吉尔吉斯的历史最早可以追遡至西元前201年。现时有关吉尔吉斯人最早的记录是《史记》，当时吉尔吉斯人被称为“鬲昆”或“隔昆”(马、冯，2000，142页)。《汉书?匈奴传》下记载：坚昆分布在丁令以西、乌孙以东、乌揭以北，“东去单於庭七千里，南去车师五千里”(马、冯，2000，143页)。吉尔吉斯人的始祖相信源自突厥人的後裔，他们当时住在今日的蒙古国。后来，有部份部落迁徙至今日西伯利亚南部，并从6世纪至8世纪於叶尼塞河沿岸定居，成为突厥汗国的一份子。在蒙古帝国崛起之前，他们一直扩张，版图直达今日的图瓦共和国。12世纪，耶律大石利用辽朝在西北地区的良好民望，在此及新疆建立西辽。是时，伊斯兰文化传入，并成为当地的主流宗教。他们大多数都是信奉逊尼派的哈奈菲派系。13世纪，蒙古帝国兴起，他们开始南迁，并於15世纪至16世纪期间，他们来到今日吉尔吉斯的国境。

18世纪，今日的吉尔吉斯地区分别是准噶尔蒙古(北部)及浩罕汗国(南部)的势力范围。到康熙帝平定准噶尔蒙古之後，浩罕向大清帝国称臣，整个地区都进入了清朝的势力范围内。19世纪20年代，浩罕势力扩张，整个吉尔吉斯地区都成为了浩罕汗国的一部份(马、冯，2000，154-155页)。1854年，沙俄著手入侵浩罕汗国，并透过各种外交手段逼使清廷承认中亚地区各藩属的独立地位。1876年，浩罕亡国，整个吉尔吉斯地区都落入了沙俄的手里(马、冯，2000，157-159页)。沙俄的统治，引发不少反抗，但亦有不少人决定离开现居地，迁入帕米尔高原及阿富汗；但另一方面，由于当时清廷对国内回民的压逼，使陜甘宁地区的回民北迁至今日楚河沿岸，成为今日东干人的祖先。1916年沙俄对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯人从中亚迁徙至当时新成立的中华民国。

1918年，苏联成立。1924年，中亚地区实行民族划界，今日的吉尔吉斯建立起喀拉吉尔吉斯自治州，成为俄罗斯联邦的一份子。在沙俄时期，今日的吉尔吉斯人被称为“喀拉吉尔吉斯”，而“吉尔吉斯”这名称却是今日哈萨克人的称呼(马、冯，2000，143页)。1925年正名为吉尔吉斯自治州，到1926年又再升格为吉尔吉斯苏维埃社会主义自治共和国。1936年12月5日，吉尔吉斯苏维埃社会主义共和国正式成立，成为苏联的联邦成员。

从1920年代开始，吉尔吉斯无论在文化、教育及社会制度都有长足的改进，使经济及社会快速增长。文化的普及，使国内开始对语言规范化的要求。1924年，吉尔吉斯采用阿拉伯字母来书写他们的语言，到1928年又改用拉丁字母。1941年，史达林执政期间，吉尔吉斯的传统文化被压制，并被强逼改用西里尔字母。

1980年代末，戈巴契夫的经济和政治改革的新计画起初对吉尔吉斯的政治气候无太大的影响。然而，对于作家的联盟来说，共和国的杂志报纸被允许采用一个比较自由的态度，并且建立一种新的吉尔吉斯言论自由。非正式的政治上的团体是被禁止的，但是在处理1989年出现的一个尖锐的住屋危机时，一些团体被允许运作起来。

1990年6月，乌兹别克族和吉尔吉斯族在乌兹别克族占大多数的奥什州爆发民族冲突。暴力的敌对跟著发生，以致紧急和宵禁的状态被实行，并且持续到1990年8月秩序恢复。

1990年代初期的转变对吉尔吉斯影响甚大而吉尔吉斯民主运动(吉尔吉斯民主的运动)亦发展成为于国会重要的政治力量。在一场令人心悬的胜利後，阿卡耶夫，吉尔吉斯科学院的院长，在1990年10月被选为总统。1991年1月，阿卡耶夫组成了新的政府，当中由一些年轻、立志改革的政客被任命，并构成主要结构。在1990年12月，吉尔吉斯最高苏维埃议会投票同意将国名由吉尔吉斯苏维埃社会主义共和国自治州换成吉尔吉斯的共和国。(在1993年，它正式改名为吉尔吉斯共和国)。并将原首府伏龙芝恢复原名比什凯克市并定为首都。